Na casa dos Bandicoots, Crash, Coco, Crunch e Aku Aku estavam cuidando de seus afazeres quando são abduzidos por uma luz branca. O mesmo acontece com o Dr. Neo Cortex e seus capangas. Eles então veem que foram abduzidos pelo rei alienígena Velo, que deseja vê-los correrem, senão a Terra será destruída. Cabe aos terráqueos salvarem seu planeta.
Personagens:
O jogo conta com a participação de 21 personagens, sendo que a maioria deve ser destravada durante o jogo ou só é jogavel para a versão GBA. Somente seis personagens são jogáveis no modo "Aventura" e são divididos em dois times: o Time Bandicoot, formado por Crash Bandicoot, Coco Bandicoot e Crunch Bandicoot e o Time Córtex, formado pelo Dr. Neo Córtex, N. Gin e Pequeno Tigre. Em todas as corridas (menos os chefes), dois personagens de cada time competem entre si.
Dois times adicionais competem entre os dois times nas corridas, sendo que os dois não são jogáveis no modo "Aventura", mas porém nos outros modos. Esses times são compostos por Nitros Óxido e seus capangas Zam e Zem e N. Trance com os hipnotizados Polar e Dingodilo. Tanto Óxido quando N. Trance são habilitáveis desde o início do jogo, mas Zam, Zem, Polar e Dingodilo devem ser habilitados ganhando os diamantes roxo, verde, azul e vermelho respectivamente no modo "Aventura". Os chefes são Krunk, Nash, Norm, Geary, somente jogáveis na versão para GBA, e o próprio Imperador Velo XXVII. Somente Velo é jogável; ele é habilitado ao ganhar o jogo com os dois times.
Assim como os três membros principais, cada time contém um quarto membro que não participa das corridas até que sejam usados. Com exceção de Velo, nenhum deles aparece no modo "Aventura". Pura é jogável fazendo 50 escorregões seguidos com algum membro do Time Bandicoot. Crash Falso é habilitável fazendo a mesma coisa com um membro do Time Córtex. Como em CTR, N. Tropy é habilitável vencendo seus fantasmas no modo de "Tentativa de tempo". Pura passa a ser jogável no time do N. Trance,fake crash passa a ser jogável no time do crash, N.tropy passa a ser jogavel no time do Cortex, enquanto Velo é jogável no time de Óxido.
Como em CTR, Aku Aku serve de conselheiro para o Time Bandicoot e Uka Uka para o Time Cortex. Uma outra máscara que lembra Velo serve como conselheiro para os times de Óxido e Trance. A versão para Game Boy Advance também possui o dragão Spyro como personagem jogável zerando o jogo com o Time Bandicoot.
Equipes do Game:
Team Bandicoot:
* Crash Bandicoot (Lider).
* Coco Bandicoot.
* Crunch Bandicoot.
* Fake Crash. (Não e jogavel no modo Adventure)
Team Cortex:
* Dr Neo Cortex (Lider).
* Dr Nefasto Gin.
* Tiny Tiger.
* Nefarious Tropy. (Não e jogavel no modo Adventure)
Team Mix:
* Nefarious Trance (Lider).
* Dingodile.
* Polar.
* Pura.
* Spyro. (Na versão para GBA, substituindo Pura)
Team Oxide:
* Nitrous Oxide.
* Zam.
* Zem.
* Real Velo(Lider).
Team Championship:
* Terra Championship (Krunk).
* Barin Championship (Nash).
* Fenomena Championship (Norm).
* Teknee Championship (Geary).
* Galaxy Championship (Emperador Velo,Lider).