Em “Prototype 2”, o jogador acompanha a história do sargento James Heller, que volta de um conflito militar e vai para Nova York após descobrir que seus entes queridos morreram por causa do vírus Blacklight. Sem esperança e nem vontade de viver, ele decide entrar na região mais afetada da cidade e morrer levando o maior número possível de infectados.
Entretanto, ele é apanhado por nada mais nada menos que Alex Mercer, protagonista do primeiro “Prototype” e responsável por todo o caos em New York. Heller então ganha poderes semelhantes aos do anti-herói e decide usá-los para destruir o próprio Mercer. Quando foi lançado, “Prototype” encarou diversas comparações com “inFamous”, da Sucker Punch, porque os dois dividem conceitos similares, como um personagem.
As mudanças começam no sistema de upgrades, que não possui mais uma loja em que o jogador compra as habilidades desejadas. Agora, é necessário explorar regiões subterrâneas espalhadas pela cidade. O jogador deve encontrar áreas através de pontos luminosos e depois ir para os combates. Quando os inimigos são vencidos, James Heller pode absorver as criaturas e se tornar mais forte e habilidoso.
Esta é outra mudança muito sensível é que será possível destruir helicópteros e tanques. Pode-se também dar cabo de muitos infectados, de soldados da Blackwatch e de veículos militares de uma única vez. E o mais bacana é que quando algo assim acontece, a câmera entra em slow-motion, para que o jogador possa conferir em detalhes do espetáculo de destruição. Segundo os produtores, não há economia de sangue no jogo: qualquer inimigo pode ser desmembrado.
Assim como em “Prototype”, Heller também pode absorver e assumir a forma de inimigos caídos e apanhar suas armas para cumprir missões paralelas. Entretanto, esses desafios serão até mais importantes do que no primeiro game. Em muitos casos, elas devem ser cumpridas para entender em detalhes do enredo.
A Activision garante que a engine de “Prototype” foi melhorada, possibilitando ao estúdio Radical Entertainment trabalhar mais nas texturas da cidade e apresentar mais situações que se desenrolam ao mesmo tempo. Ou seja, o jogo apresentará uma cidade mais detalhada e ainda mais vibrante. A data de lançamento de “Prototype 2” ainda não foi revelada, entretanto a Activision já anunciou que ele só chegará ao mercado em 2012 com versões para Xbox 360, Playstation 3 e PC.